Hematoxylin and eosin (H&E) 염색은 조직병변의 진단을 위해 다양한 조직의 유형과 형태학적 변화를 분별하는데 필수적으로 사용되는 염색입니다. H&E 염색은 세포질, 핵 및 세포 외 기질들과 광범위하게 반응하기 때문에 조직염색의 기본으로 활용되고 있습니다.
Hematoxylin은 짙은 청자색을 띠며 핵산을 염색합니다. Eosin은 분홍색으로 염색되며 단백질을 비특이적으로 염색합니다.
따라서 전형적인 조직에서 핵은 hematoxylin에 의해 짙은 청색으로 염색되는 반면 세포질과 세포 외 기질은 eosin에 의해 다양한 분홍색으로 염색됩니다. 조직을 적정한 고정액(fixative)으로 잘 고정하는 것은 염색을 통해 조직세포 내 세부 구조들을 잘 관찰하는데에 중요 요소입니다.

Hematoxylin 염료는 진단적으로 매우 중요한 핵의 이질염색질(heterochromatin) 응축으로 나타나는 다양한 세포 유형 및 암 유형에서 특이적 패턴들을 잘 보여주는 역할을 합니다. 핵소체(nucleoli)는 eosin으로 염색됩니다.
풍부한 polyribosome이 존재하는 경우에는 세포질은 뚜렷한 청색을 나타내게 됩니다.
Golgi 영역은 핵 옆에 염색이 되지 않은 영역으로 식별됩니다. 따라서 H&E 염색을 통하여 세포의 특정한 구조적 정보와 함께 기능적 의미를 획득할 수 있습니다.